2029, Jepang di masa depan. Motoko Kusanagi, seorang siborg, menggagas pembentukan sebuah satgas yang bisa mencegah ancaman. Dia dan timnya direkrut oleh Daisuke Aramaki sebagai Seksi 9 Keamanan Publik, alias "Satgas Shell". Sebuah konspirasi internasional menandakan keberadaan peretas bernama "Puppet Master". Apa yang menanti Kusanagi? Apa tujuan si peretas? Era baru laga siberpunk dimulai!